El convento se fundó en 1561 después de que el ermitaño Antonio de Santa María se puso en contacto con Pedro de Melgar, provincial de la Orden de los Mínimos de San Francisco de Paula en Andalucía. Fue primordial la ayuda del capitán Luis de Morales, Francisco De la Cruz par la solicitud al arzobispo de Sevilla la cesión de esta ermita a los mínimos. El convento tuvo un noviciado y una cátedra de Artes (filosofía). El noviciado se cerró en 1750.
En el siglo XVII el patrón de la capilla mayor pasó a ser Gaspar de Guzmán, el conde-duque de Olivares.Entre 1808 y 1809, durante la Guerra de la Independencia Española, el general Castaños usó este convento como hospital. Un año después consta que el convento contaba con 14 frailes ordenados.
En 1820 en el convento, que tenía capacidad para 80 religiosos, residían 5 sacerdotes y otros 7 religiosos profesos.12 El convento fue desamortizado en 1835. El convento fue usado en un primer momento como prisión para prófugos que habían huido de las reclutas militares. En 1837 la Junta de Enajenación de Edificios y Efectos de Conventos Suprimidos solicitó al cabildo de Utrera las campanas del convento, que fueron confiscadas.
En 1841 la Hermandad de Jesús Nazareno de Utrera, con otros vecinos de la localidad, solicitaron y obtuvieron la autorización del cabildo para volver a realizar la procesión en honor a la Virgen de Consolación. En 1842 constituyeron una hermandad para la conservación del santuario.
La Virgen de Consolación es la patrona de Utrera. La imagen es de autor anónimo del siglo XIV. Fue coronada canónicamente en 1964.